En el Torneo Clausura 2009 llegaron a la final y se enfrentaron de nueva cuenta ante Tijuana, Mérida ganó el juego de ida con gol del «Perejita» López y el 24 de mayo, en el juego de vuelta en Tijuana, empataron a ceros lo que fue suficiente para lograr el campeonato de la Primera División ‘A’. Pese a que los torneos organizados por la AFA eran considerados de carácter nacional, solamente competían los equipos de la ciudad de Buenos Aires, el conurbano bonaerense y dos de la ciudad de La Plata, como en la era anterior.
