Los diseños de nivel en sí mismos son drásticamente diferentes de la versión arcade también. Las etapas 2 y 3 se combinaron en una etapa, lo que resultó en la renumeración del nivel Waterfall de la Etapa 4 a la Etapa 3, mientras que las Etapas 5 y 6 se combinaron en la nueva Etapa 4. Las cuatro etapas finales de la versión NES (Snowfield, Energy Zone, Hangar y Alien Lair) se basan en las diferentes áreas presentadas en la etapa final de la versión arcade.
