El equipo continuó en trayectoria ascendente, logrando disputar la promoción de ascenso a Primera en la campaña 1942-43, pero en la temporada siguiente descendió a Tercera División. La temporada liguera comienza con Víctor Fernández al mando del equipo y con la gran aspiración de clasificarse por primera vez en la historia del club a la Liga de Campeones, pero el equipo desciende a la Segunda División, en una temporada donde llegaron a estar cuatro entrenadores en el banquillo (Fernández, Garitano, camiseta psg Irureta y Manolo Villanova) y con fracasos como la eliminación en la primera fase de la UEFA ante el Aris de Salónica o que solo ganase un solo partido como visitante en Liga.
