Los tres primeros se clasificaban automáticamente a la siguiente ronda, donde el primero de cada grupo jugaba contra un tercero de otro grupo -siempre y cuando no fueran del mismo país ni grupo-, equipaciones de futbol baratas y los segundos mejores jugaban ante los terceros de grupo de la primera fase de la Liga de Campeones. Los hispalenses, que celebraban ese año el centenario del club, se impusieron en la final disputada el 10 de mayo en el Philips Stadion de Eindhoven al Middlesbrough inglés, por un contundente 4-0, con dos goles de Maresca, uno de Luís Fabiano y otro de Kanouté.
