Los años 1940 comenzaron con el equipo obteniendo nuevamente un subcampeonato, esta vez a tres puntos de la Universidad de Chile. Tres días después -el 25 de agosto de 1964- Cerro derrotó a San Lorenzo de Almagro por 4 a 2 en el propio Monumental Luis Tróccoli, habiendo convertido Cacaio en dos oportunidades, camisetas de futbol Paulo Silva Araujo y Eduardo Restivo. Ya en 1938, el equipo consiguió el subcampeonato del torneo oficial al finalizar un punto por debajo de Magallanes.
