Junto a su tradicional rival, Olimpia, protagonizan el Clásico del fútbol hondureño, evento deportivo que es considerado por la Federación Internacional de Fútbol Asociado (FIFA) como el «derbi de mayor tradición en Honduras». La FIFA reconoce a Motagua como uno de los dos clubes hondureños que figuran entre el listado de «clubes clásicos del mundo», al igual que su acérrimo rival Olimpia. Olimpia y por esta razón, el «Azul» tuvo que enfrentar en la serie semifinal al Club Hispano de la ciudad de Comayagua que finalizó en tercer lugar.
