Motagua conquistó la Supercopa 1999 tras vencer el 13 de enero de 1999 por 1 a 0 a su rival Platense. Cabe destacar que fue la segunda vez la historia de la liga que se disputó una temporada con once equipos (la primera vez fue en la temporada 1981-1982), convirtiendo así al Motagua en el único bicampeón en torneos de once equipos. Luego, en el Apertura 1999, los «azules» volverían a ganar el torneo de «Liga», esta vez por la vía de los penales, después de quedar ambos encuentros empatados a cero goles.
